Durant la Seconde Guerre mondiale, les nazis s'essayent à la magie noire pour appeler en renfort un puissant démon. Leur plan maléfique échoue, et c'est un petit être rouge qui arrive sur Terre. Né en Enfer et avec un bras en pierre, Hellboy est heureusement recueilli, puis élevé par le scientifique Trevor Broom. Il usera ainsi de ses pouvoirs surnaturels pour faire le bien. Pourtant, soixante ans plus tard, Hellboy est rappelé par ses créateurs nazis qui ont été ressuscités...